Embora todas as algas contenham clorofila, nem todas são verdes.
Outros pigmentos ocultam frequentemente a clorofila, tingindo espécies diferentes
com um arco-íris de matizes. Muitas das familiares plantas marítimas de grandes
dimensões, por exemplo, apresentam vários tons de castanho, e o
musgo-da-irlanda é umas vezes purpúreo e outras amarelas. Existem ainda algas
cujos tons vão do rosa-claro ao violeta-escuro.
As variedades microscópicas são igualmente coloridas. As espécies
que vivem nas nascestes termais tingem as paredes de amarelo-vivo, laranja e
vermelho. Miríades de algas provocam o estranho fenómeno da neve vermelha:
vivendo na superfície de mantos de neve e glaciares, emprestam-lhes por vezes
um brilho avermelhado.